In 1940 raakte hij in Duitse krijgsgevangenschap, waar hij 2000 pagina's dagboek schreef. Deze zijn gedeeltelijk verloren gegaan, maar voor het overige pas na zijn dood, vanaf 1983, gepubliceerd onder de titel Carnets de la drôle de guerre. Voorts las hij in gevangenschap het filosofische hoofdwerk Sein und Zeit van Heidegger. In 1941 werd hij om gezondheidsredenen vrijgelaten. In Parijs kon hij een baan krijgen als leraar filosofie aan het Lycée Condorcet, waar hij de plaats innam van een ontslagen joodse leraar. Eén van Sartres belangrijkste thema's was de existentiële vrijheid in een wereld waar geen hogere macht zin of betekenis geeft aan het leven. Die moet de mens zelf maar zien te scheppen, hoe moeilijk dat ook is. Beknopt en abstract formuleerde hij dat als: de existentie gaat vooraf aan de essentie. Sartre vond dat ieder mens vrij is. Ook in extreme situaties is de mens vrij en kan zijn verantwoordelijkheid niet afschuiven op de omstandigheden. Je bent bijvoorbeeld altijd vrij om nee te zeggen (of te denken) tegen de bezetter. Zijn eigen productiviteit was overigens juist tijdens de Duitse bezetting vrij hoog; zijn filosofische hoofdwerk L'être et le néant heeft hij in die tijd zonder problemen kunnen publiceren, evenals zijn toneelstukken Les mouches en Huis clos. In L'être et le néant trachtte hij mede onder invloed van de Duitse existentiefilosoof Martin Heidegger op een fenomenologische wijze een 'zijnsleer' op te bouwen. Dit leverde hem van Heidegger de kwalificatie 'begaafd journalist' op.[1]
Sartre werd door sommige critici als pessimist beschouwd. Volgens deskundigen was dit niet zijn intentie. Hij schreef in de jaren 50 een column in het dagblad Le Monde; hierin betoogde hij dat de mens vanaf zijn geboorte een slecht wezen is, dat verantwoordelijk gesteld kan worden voor de conflicten in de wereld. Waarschijnlijk is dit te verklaren doordat hij de mens als de hel zag voor de ander, zoals hij al in zijn toneelstuk (Huis clos) had geformuleerd, omdat de aanwezigheid van andere mensen onvermijdelijk je eigen vrijheid inperkt.
Op politiek gebied was Sartre een marxist van de 'derde weg', een onafhankelijke positie ten opzichte van de Verenigde Staten en de Sovjet-Unie. Toen de Koude Oorlog echter verhardde en o.a. de Korea-oorlog tot gevolg had, terwijl Frankrijk steeds pro-Amerikaanser werd, koos Sartre in 1952 de zijde van de Sovjet-Unie, hoewel hij nooit lid werd van de toen zeer machtige Franse Communistische Partij. Hij was in de periode 1952-1956 een fellow-traveller, een sympathisant van de Sovjet-Unie samen met medestanders als Claude Lanzmann.[2] Na afloop van zijn reis door de Sovjet-Unie in 1954 schreef hij een zestal zeer lovende artikelen over het Sovjet-systeem in het aan de PCF gelieerde Libération. Hij nam steeds meer afstand van zijn eigen existentialisme en vond dat de vrijheid verkregen moest worden via het collectief, in plaats van via het individu. Het kwam in jaren vijftig tot felle polemieken, onder meer met zijn oud-medestudent aan de ENS, de liberaal Raymond Aron (die marxisme als 'opium voor intellectuelen' beschouwde) en met zijn collega-literator en filosoof Albert Camus, die zich nooit existentialist wilde noemen en bovendien vond dat je geen vuile handen moest maken door toe te geven aan totalitarisme. In 1956 veranderde Sartres houding ten opzichte van het communisme van de Sovjet-Unie radicaal; hij keurde de inval in Hongarije af.Toen Jean-Paul Sartre in 1964 de Nobelprijs voor de Literatuur werd toegekend, weigerde hij die echter, omdat hij vond dat die prijs te vaak naar anticommunistische schrijvers ging. Zijn eigen weg tussen de oost-westtegenstellingen omschreef hij wel eens als anti-anticommunisme.[3]
In 1960 deed hij nog een uitgebreide poging om het marxisme en het existentialisme met elkaar te rijmen in Critique de la raison dialectique. Het tweede deel van dit werk verscheen postuum. Zijn anti-anticommunisme maakte het mogelijk om zich radicaal links te profileren. In 1967 zat hij met Bertrand Russell co-president van het Russell-tribunaal over de Amerikaanse rol in de Vietnamoorlog. Hij gaf acte de présence bij de 'gebeurtenissen' in Frankrijk in mei 1968, al was hij daarvan niet de inspirator. Van toen af aan werd hij actief in de journalistiek; hij interviewde voor het opinieblad Le nouvel observateur de studentenleider Daniel Cohn-Bendit. In 1971 viel hij op door het redigeren en uitventen van het door de autoriteiten met sluiting bedreigde maoïstische blad La cause du peuple. Later deed hij hetzelfde met de maoïstische bladen Tout en J'accuse. In 1973 was hij een van de oprichters van het linkse dagblad Libération, maar moest na een jaar om gezondheidsredenen zijn redactionele werk opgeven. Op het einde van zijn leven betreurde hij het niet tot het uiterste radicaal te zijn geweest. De laatste jaren van zijn leven was hij geheel blind; hij overleed op 15 april 1980 op 74-jarige leeftijd in het Broussais-ziekenhuis in Parijs. Bij zijn begrafenis op het Parijse Cimetière du Montparnasse waren ongeveer 50.000 mensen aanwezig.
